El Niño hava hadisəsi Afrikanın iqtisadiyyatına əhəmiyyətli dərəcədə təsir göstərmək potensialına malikdir. Bu təsir əsasən kənd təsərrüfatı sektorunda özünü büruzə verir, çünki qitənin bir çox hissəsi yağışa bağlı əkinçilikdən asılıdır. El Niño-nun səbəb olduğu quraqlıq və ya həddindən artıq yağışlar məhsul itkisinə , ərzaq qıtlığına və nəticədə ərzaq qiymətlərinin artmasına gətirib çıxara bilər. Bu vəziyyət, xüsusilə həssas əhali qrupları üçün yaşayış xərclərinin yüksəlməsinə səbəb olaraq sosial gərginliyi artıra bilər. Kənd təsərrüfatı məhsuldarlığının azalması təkcə ərzaq təhlükəsizliyinə deyil, həm də Afrika ölkələrinin ixrac gəlirlərinə mənfi təsir göstərir. Bir çox Afrika ölkəsi kənd təsərrüfatı məhsullarının ixracından əhəmiyyətli valyuta gəlirləri əldə edir. Məhsulun azalması bu gəlirləri azaldaraq ticarət balansına və ödəniş balansına mənfi təsir göstərə bilər. Bundan əlavə, su qıtlığı enerji istehsalına (xüsusilə hidroenergetika), sənayeyə və məişət istifadəsinə təsir edərək iqtisadi fəaliyyəti daha da zəiflədə bilər. El Niño-nun yaratdığı bu iqtisadi çağırışlar hökumətlər üçün əlavə büdcə xərcləri yaradır. Fövqəladə hallara cavab tədbirləri, ərzaq yardımı proqramları və infrastrukturun bərpası üçün vəsaitlər ayrılması lazım gəlir ki, bu da dövlət borcunun artmasına səbəb ola bilər. Uzunmüddətli perspektivdə, bu cür iqlim hadisələri Afrikanın dayanıqlı inkişaf məqsədlərinə çatmasına mane ola bilər və yoxsulluğun azaldılması səylərini çətinləşdirə bilər. Buna görə də, iqlim dəyişikliyinə qarşı adaptasiya strategiyaları və risk idarəetmə mexanizmləri qitə üçün böyük əhəmiyyət kəsb edir.