El Niño hava fenomeni Cənubi Afrika regionunda ərzaq qiymətlərinin yüksəlməsi riskini artırır. Bu təbii hadisə, adətən, quraqlıq və ya həddindən artıq yağışlar kimi ekstremal hava şəraiti ilə müşayiət olunur ki, bu da kənd təsərrüfatı məhsullarının istehsalına ciddi zərbə vura bilər. Regionun iqtisadiyyatı böyük ölçüdə kənd təsərrüfatı sektorundan asılı olduğundan, El Niño-nun təsirləri ərzaq təhlükəsizliyi və inflyasiya baxımından narahatlıq doğurur. Quraqlıq şəraiti məhsuldarlığı azalda, su ehtiyatlarını tükəndirə və heyvandarlıq sektoruna mənfi təsir göstərə bilər. Bu da öz növbəsində, bazarlarda ərzaq məhsullarının təklifini azaldaraq, onların qiymətlərinin artmasına gətirib çıxaracaq. Belə bir ssenari, xüsusilə aztəminatlı ailələr üçün ərzaq əlçatanlığını çətinləşdirə və yaşayış xərclərini yüksəldə bilər. Cənubi Afrika ölkələri El Niño-nun potensial təsirlərini azaltmaq üçün müxtəlif tədbirlər görməyə çalışırlar. Bu tədbirlərə suvarma sistemlərinin təkmilləşdirilməsi, quraqlığa davamlı bitki sortlarının istifadəsi və ərzaq ehtiyatlarının yaradılması daxil ola bilər. Lakin, bu cür tədbirlərin effektivliyi və miqyası regionun maliyyə imkanları və infrastruktur vəziyyəti ilə məhdudlaşa bilər. Ümumilikdə, El Niño-nun Cənubi Afrikaya təsiri regional iqtisadiyyat üçün ciddi çağırışlar yaradır. Ərzaq qiymətlərinin artması sosial gərginliyə səbəb ola və hökumətlərin makroiqtisadi sabitliyi qorumaq səylərini çətinləşdirə bilər. Bu səbəbdən, beynəlxalq təşkilatların və donorların dəstəyi region üçün böyük əhəmiyyət kəsb edir.