Zanardi 2001-ci ildə keçmiş Ganassi mühəndisi Mo Nunn tərəfindən qurulan bir komanda üçün Cart yarışlarında yer tapdı. ABŞ -da 11 sentyabr hücumlarından cəmi dörd gün sonra Almaniyanın Lausitzring ovalında keçirilən yarışda liderlik edərkən, həyatını dəyişdirən qəza baş verdi. Yarışın son mərhələlərində pitdən çıxarkən, Zanardi səhv etdi və yolda fırlandı. Kanadalı Aleks Tagliani Zanardi nin avtomobilinə saatda təxminən 200 mil sürətlə yan tərəfdən çırpıldı və avtomobilin ön hissəsini qopardı. Qəza sanki bir bombanın partlaması kimi idi və bundan sonra Zanardi nin ön hissəsi olmayan avtomobili yolun üzərində uzanmışdı, ondan qan axırdı. Ürəyi yeddi dəfə dayandı. Bir litrdən az qanla təxminən bir saat sağ qaldı. O, Dr. Steve Olvey nin rəhbərlik etdiyi tibbi qrupun peşəkar müdaxiləsi sayəsində xilas edildi. Qəzadan səkkiz gün sonra Berlin də xəstəxanada huşunu bərpa etməsi haqqında danışarkən, Zanardi dedi: “Həyatımda yaşadığım ən böyük sevinci hiss etdiyimə təəccübləndim. Ağrı inanılmaz idi. Onu təsvir edə bilmərəm. Amma mən sağ idim. Ayaqlarım kimə lazımdır? Mən sağam. Qalanlara diqqət yetirmək mənim üçün ən təbii şey idi.” Bu, onun tək oturacaqlı yarış karyerasının sonu idi, lakin o, geniş reabilitasiya proqramına başladı və protez əzalarla təmin edildi. 2003-cü ildə ona Lausitzring də əl ilə idarə olunan Cart avtomobilində bir yürüş verildi, iki il əvvəl bitirə bilmədiyi yarışdan qalan 13 dövrə ni simvolik olaraq tamamladı. O, yarışa vəsiqə qazanmaq üçün kifayət qədər sürətli dövrələr etdi və bu, onu motosportda geri dönə biləcəyinə inandırdı. O, BMW ilə 2005-2009-cu illərdə beş mövsüm yarışdığı Dünya Tur Avtomobil Çempionatı nda əl ilə idarə olunan avtomobil təmin etmək üçün razılaşdı və dörd yarışda qalib gəldi. Artıq 40 yaşlarında olsa da, Zanardi ən böyük nailiyyətlərinə aparacaq başqa bir çağırışa başlamışdı. 2007-ci ildə cəmi dörd həftəlik məşqdən sonra New York City marafonunda əl velosipedi kateqoriyasında dördüncü yeri tutdu. Bu, Zanardi nin əsas diqqət mərkəzinə çevrildi və illər keçdikcə uğurları artdı. 2011-ci ildə New York Marafonu nu qazandı. Sonra, 2012-ci il London Olimpiya Oyunları nda yol yarışı və yol vaxt sınağında qızıl medallar qazandı, dörd il sonra Rio De Janeiro da daha bir cüt qələbə qazanaraq bu dəfə yol vaxt sınağını yol komanda estafeti ilə birləşdirdi. Nəticədə, o, yeddi il ərzində bu idman növündə dominantlıq etdi, 2013-2019-cu illərdə ümumilikdə 12 dünya çempionatı qızıl medalı əlavə etdi.